Первая Церковь была деревянная. Возведена в 1888 году в честь Покрова Божией Матери. Ельцовский приход входил в состав Кузнецкого уезда с прилегающими деревнями.

В 1914 году Ельцовский благочинный округ имел 716 прихожан. По архивным документам первым священником значится Александр Павлович Максимов, а с 1909 года иерей Парфений Никандрович Шевелев. Он был последним священником разрушенного храма.

Современная история.

Во время советской власти сельчане ездили молиться в город Бийск Алтайского края, село Кузедеево Кемеровской области.
В 1993 году с Божией помощью и усилиями православных людей преосвящейнешим Тихоном, епископом Новосибирским и Барнаульским, в село Ельцовку был направлен иерей Константин Гросс. Сколько было радости, когда прошло первое богослужение в доме у священника, по улице Елесина дом 26, что возле здания современной пожарной части. Пробыв в Ельцовке до начала 1996 года, отец Константин был отозван в Барнаул. Во времена служения отца Константина Гросса администрация района пошла на встречу, отдав под церковь старый кинотеатр. Так появился домовой храм в селе Ельцовка. На смену отцу Константину прибыл иеромонах Сергий (Миронов). К 1997 году был сформирован Приход. Много трудов и усилий пришлось положить на благоустройство храма. Благодаря организаторским способностям отца Сергия в церкви были сооружены купол и звонница из красного кирпича, его стараниями храм преобразился, появилось внутреннее убранство.
В 2002 году отца Сергия сменил иеромонах Адриан (Костриков). Шло время, верующим хотелось иметь не приспособленное помещение для церкви, а отдельное и вновь построенное, деревянное как в 1888 году.

И в знак уважения, любви, преданности к своей земле предпринимателями Марьиными 1 октября 2003 года - начато строительство нового храма. Сначала Епископом Барнаульским и Алтайским Максимом (Дмитриевым) был освящен закладной камень, после чего за работу взялись строители.
Освящение нового храма в честь Покрова Божией Матери произошло 19 сентября 2004 года преосвящейнейшим Максимом, епископом Барнаульским и Алтайским.
В марте 2009 года приход в селе Ельцовка возглавил иерей Вячеслав (Николаев), так как иеромонаха Адриана (Кострикова) перевели в мужской монастырь с. Коробейниково. Они стремились вложить в сердце каждого частицу любви к Господу и ближним, умение сострадать, быть кроткими и смиренными. Их путь продолжили иерей Дионисий, а затем иерей Андрей.
В настоящее время настоятелем является иерей Евгений.